Um dos principais gargalos na operação da Petrobras, a área de refino é também o centro denúncias de corrupção e irregularidades na execução de projetos de refinarias no país. Segundo o Tribunal de Contas da União (TCU), todos as quatro novas unidades previstas pela estatal apresentam irregularidades em sua execução, desde erros de planejamento, sobrepreço de insumos e equipamentos e superfaturamento. Os valores contestados pelo órgão nos projetos são da ordem de R$ 2,5 bilhões. Sob o comando do então diretor da estatal Paulo Roberto Costa, a área participou da compra da refinaria de Pasadena. Costa foi preso duas semanas atrás sob suspeita de receber propina ao intermediar contratos irregulares que teriam beneficiado empreiteiras na refinaria Abreu e Lima, em Pernambuco, uma das quatro unidades em construção no Brasil. O TCU identificou a contratação de serviços às empreiteiras por valores acima da prática do mercado. Na última inspeção, em 2013, o órgão identificou superfaturamento de R$ 69 milhões em um dos contratos para compra de equipamentos. Ao todo, os aditivos nos contratos somaram R$ 943 milhões e as empreiteiras ainda pleiteiam R$ 1 bilhão adicional. As divergências quanto aos valores são apontadas como uma das causas para a saída da parceira venezuelana PDVSA, que questionou publicamente os custos estimados pela Petrobras. A Petrobras diz que até o julgamento definitivo do caso o "suposto sobrepreço residual" é garantido por apólices de seguro previstas no contrato. "Não havendo que se falar, por conseguinte, em risco de prejuízo para a companhia", afirma a estatal.
